معرفی سایت Seed Germination app

مصاحبه با دکتر محمدرضا لبافی حسینآبادی

عضو هیئت علمی گروه کشت و توسعه گیاهان دارویی پژوهشکده گیاهان دارویی، جهاد دانشگاهی

آقای دکتر لبافی لطفاً خودتان را معرفی کرده و زمینه فعالیت و تخصص خودتان را توضیح دهید.

اینجانب محمدرضا لبافی حسین‎آبادی استادیار گروه کشت و توسعه گیاهان دارویی پژوهشکده گیاهان دارویی، جهاد دانشگاهی و موسس سایت شبکه گیاهی ایران هستم. از سال ۱۳۹۱ تاکنون در خدمت این پژوهشکده هستم. زمینه تخصصی و فعالیتم در حوزه کمی‎سازی متابولیت‎های ثانویه، خواب بذر، رشد و نمو گیاهچه و طراحی بانک اطلاعاتی است.

ایده ایجاد سایت Seed Germination app از کجا آغاز شد؟

از سال ۱۳۸۹ به دنبال نوشتن کتابی در زمینه فرمول‎های کشاورزی بودم که به دلایل مختلف نتونستم این کار انجام بدم. در همین راستا اولین طرحی که در پژوهشکده گیاهان دارویی جهاد دانشگاهی انجام دادم در زمینه جوانه‎زنی و خواب بذر تحت عنوان “تعیین روش های شکست خواب بذر و بهبود جوانه‎زنی بذر گونه های مهم گیاهان دارویی در راستای توسعه بانک بذر گیاهان دارویی” بود و پس از پایان کار سایت شبکه گیاهی ایران (www.netplant.ir) تصمیم گرفتم که ساخت نرم افزار تحت وب جوانه‎زنی بذر به همراه یک بانک اطلاعاتی از نحوه شکست خواب بذر آغاز کنم.

شاخصها و آمارههایی که در این سایت در دسترس است، کدامند؟

شاخصهای جوانهزنی عبارتند از:

FGP: Final germination percentage; MGT: Mean germination time; SDG: Standard deviation of the germination time; VGT: Variance of germination time; CVT: Coefficient of variation of the germination time; MGR: Mean germination rate; GSP: Germination speed; GRI: Germination rate index; GI: Germination Index; SYN: Synchrony of the germination process; UNC: Uncertainty of the germination process.

آمارهها عبارتند از:

به دو صورت الف) کلی و ب) بر اساس تیمار: مجموع داده‎ها، میانگین، مجموع مربعات، واریانس، انحراف معیار، استاندارد خطای میانگین گزارش می‎شود.

ساخت نرم افزار چه مدت طول کشید؟

از اواسط اسفند ۱۳۹۶ تا اوایل مهر ۱۳۹۷٫

لطفا به صورت مختصر سایت را معرفی کنید.

سایت Seed Germination app دارای دو قسمت مجزا می‎باشد.

  • پایگاه اطلاعاتی شکست خواب بذر (Seed Dormancy Database)
  • نرم افزار تحت وب جوانه‎زنی بذر (Seed Germination app)

۱- پایگاه اطلاعاتی شکست خواب بذر

ﺑﺬر ﻣﻬﻢ‎ﺗﺮﻳﻦ ﻋﺎﻣﻞ ﺗﻜﺜﻴﺮ و ﺣﻔﻆ ذﺧﺎﻳﺮ ﺗﻮارثی ﮔﻴﺎهان اﺳﺖ و در اﻧﺘﺸﺎر و اﺳﺘﻘﺮار ﮔﻴﺎه در ﻣﻨﺎﻃﻖ ﻣﺨﺘﻠﻒ، ﺣﻔﻆ و ﺑﻘﺎی ﻧﺴﻞ ‏ﮔﻴﺎه در ﺷﺮاﻳﻂ ﺳﺨﺖ و طولانی ﻣﺪت، ﻧﻘﺶ ﺑﺴﺰایی دارد. ﻋﺪم ﺟﻮاﻧﻪ‎زنی ﺑﺬر‎ﻫﺎی ﺳﺎﻟﻢ و زﻧﺪه حتی در ﺷﺮاﻳﻂ محیطی ﻣﻨﺎﺳﺐ از ‏ﻗﺒﻴﻞ آب، ﻧﻮر و اﻛﺴﻴﮋن را خواب ﺑﺬر گویند.

روش‎های استاندارد آزمون بذر و شکست خواب بذر گیاهان مختلف توسط انجمن International seed testing association ارائه شده است. این بانک اطلاعاتی شامل حدود ۸۷۰ گونه گیاهی به همراه نحوه شکست خواب است که توسط ISTA گزارش شده است با قابلیت جستجو و گذاشتن نظر در مورد هر گونه گیاهی می‎باشد.

این بخش قابلیت اضافه نمودن تعداد گونه‎های گیاهی را به صورت آنلاین دارا می‎باشد. گیاهان در این پایگاه داده با استفاده از نام علمی، نام خانواده و نام فارسی قابل جستجو هستند. پس از جستجو با کلیک بر روی نام علمی هر گیاه می‎توان به نام خانواده، نام فارسی، بستر مناسب جهت کشت گیاه برای جوانه‎زنی، دمای بهینه کشت بذر، اولین روز جوانه‎زنی، آخرین روز جوانه‎زنی، تیمار مناسب جهت شکست خواب بذر و … دست یافت.

در قسمت Germination method سایت راهنمایی‎های لازم جهت اجرای طرح و آشنایی با نکات اولیه تست جوانه‎زنی توضیح داده شده است.

۲-نرم افزار تحت وب جوانهزنی بذر

این قسمت از چندین بخش تشکیل شده است.

الف- در بخش Data view کاربران پس از ثبت نام قادر خواهند بود تا داده‎های خام مربوط به آزمون جوانه‎زنی خود را بارگذاری کنند. بارگذاری اطلاعات می‎تواند به روش‎های دستی و یا به صورت یک جا از طریق گزینه Import با استفاده از فایل Excel انجام شود. تمام داده ها به صورت آنلاین قابل تغییر هستند و پس از تغییر به صورت اتوماتیک ذخیره می شوند.

ب- بخش Analysis خود شامل دو قسمت است. در قسمت اول کاربر از بین شاخص‎های جوانه‎زنی شاخص مورد نظر خود را انتخاب می‎کند. در قسمت دوم کاربر می‎تواند گزینه‎هایی را جهت نمایش داده‎ها، آماره‎های توصیفی و یا تجزیه واریانس و مقایسه میانگین انتخاب کند و با انتخاب گزینه Result view نتایج را مشاهده کند.

ج- در بخش User manual کاربر می‎تواند آموزش کامل استفاده از نرم افزار را به دو زبان فارسی و انگلیسی مشاهده کند.

د- در بخش Documentation فرمول‎های مورد استفاده در قسمت شاخص‎های جوانه‎زنی در دسترس است.

ه- بخش Data sample شامل داده‎های آزمایشی جهت کار با نرم افزار است.

چه برنامهای برای آینده دارید؟

در قسمت بانک اطلاعاتی شکست خواب بذر در نظر داریم تا نتایج مقالات معتبر در این زمینه به همراه رفرنس به بانک اطلاعاتی اضافه کنیم.

در قسمت آنالیز آماری اضافه کردن گراف، شاخص‎های آماری، تست نرمالیته، پیدا کردن داده‎های پرت، اضافه کردن آزمایش فاکتوریل، اضافه کردن شاخص‎های میانگین همچون دانکن، اضافه کردن مدل‎های هیدروترمال و …

آیا در زمینههای دیگر هم قصد ایجاد نرم افزار دارید؟

بله در صورت فراهم بودن شرایط علاقمندیم تا در زمینه‎های دیگری همچون شاخص‎های مربوط به تنش‎های محیطی، شاخص‎های رشد، شاخص‎های کشت مخلوط و … به نرم افزار اضافه کنیم.

سخن پایانی

در حال حاضر سایت در مرحله آزمایشی قرار دارد و در آینده‎ای نزدیک با قابلیت‎های آماری و شاخص‎های جوانه‎زنی بیشتر ارایه خواهد شد. علاقمندان می‎توانند شاخص‎های مورد نظر خود را به نشانی netplant.ir@gmail.com ارسال نمایند تا در نسخه های بعدی سایت اضافه گردد.

علاقمندان برای آشنایی با نحوه استفاده از نرم افزار Seed Germination app می‎توانند از راهنمای فارسی آن استفاده کنند.

  • 1
    Share

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *